พระนิรันตรายถูกพบในสมัยรัชกาลที่ ๔ เมื่อ พ.ศ. ๒๓๙๙ กำนันอินแขวงเมืองปราจีนบุรีขุดพบพระพุทธรูปทองคำสมัยทวารวดี ณ ชายป่าดงพระศรีมหาโพธิ์ จังหวัดปราจีนบุรี และอัญเชิญพระพุทธรูป ทูลเกล้าทูลกระหม่อมถวายแด่พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ในวันพระฤกษ์เฉลิมพระราชมณเฑียรสีตลาภิรมย์พระองค์ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ช่างหล่อพระพุทธรูป นั่งขัดสมาธิเพชรด้วยทองคำขึ้นองค์หนึ่งให้ได้ตามพุทธลักษณะตามพระราชดำริและให้ครองจีวรเป็นริ้วแบบพระธรรมยุติ (แบบพระกันธาราฎ) หน้าตักกว้าง ๔ นิ้วครึ่ง ครอบพระพุทธรูปทองคำสมัยทวาราวดีอีกชั้นหนึ่ง และทรงได้โปรดให้ทำเรือนแก้วเป็นพุ่มศรีมหาโพธิ์ มีอักษรขอมจารึกเป็นคาถา “อิติปิโส ภควา” ๙ วรรค แสดงพระพุทธคุณในวงกลีบบัวเบื้องหน้า ๙ เบื้องหลัง ๙ ที่ยอดเรือนแก้วทำเป็นรูปพระมหาพิชัยมงกุฎ พระสัญลักษณ์ พระโคตร ของสมเด็จพระบรมศาสดา ส่วนฐานประดับรูปโค เจาะรูบริเวณปากโค น้ำสรงพระนิรันตรายจะไหลออกทางปากโค และโปรดเกล้าฯ ให้ประดิษฐาน ณ หอเสถียรธรรมปริตร พระอภิเนาว์นิเวศน์พระบรมมหาราชวัง ร่วมกับพระกริ่งองค์น้อย ซึ่งต่อมาพระกริ่งองค์น้อยถูกลักไป พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าฯ จึงทรงพระราชดำริว่า พระพุทธรูปทองคำองค์ใหญ่ ได้แคล้วคลาดพ้นอันตรายถึง ๒ ครา คือ เมื่อถูกขุดค้นพบก็มิได้ถูกหลอมให้อันตรธาน ขโมยเข้ามาก็ยังมิถูกลักไป นับว่าเป็นความอัศจรรย์ยิ่ง จึงถวายพระนามว่า “พระนิรันตราย” แปลว่า “ปราศจากอันตราย” และโปรดเกล้าฯให้สร้างพระพุทธรูปแบบนั่งขัดสมาธิเพชร มีหน้าตักกว้าง ๕ นิ้วครึ่ง หล่อด้วยทองคำสวมองค์เดิมอีกชั้นหนึ่ง และทรงโปรดให้หล่อจำลองด้วยเงินบริสุทธิ์อีกองค์หนึ่งประดิษฐานไว้คู่กัน